位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
从影评人到普通观众，《魔法禁书目录第三季》得到了各界的广泛关注和讨论。影评人们称赞其在情节设计和人物刻画上的巨大突破。
《魔法禁书目录第三季》该片讲述了少女一路与命运的抗争，最终找到自我，也收获纯真情缘的故事。电影延续原著原剧，准备唤起全民对这段师徒虐恋的追剧回忆。
没有精心搭建的造景、没有靠灯光营造的氛围，更没有强情节、快节奏、多反转的人造戏剧元素
大自然是人物的舞台，人在自然中“自然”地生存着，人与自然浑然一体。草原、河流、山峦、羊群、马匹、与人的生存状态，水乳交融地构成和还原了一种原生态关系。
